写真を編集するためのフリーソフトとしては、いささか古いですが、JTrimが便利です。歴史があるソフトのため、多機能ながらも使いやすい構成となっていますし、丁寧な使い方解説サイトがたくさんあります。

JTrimの使い方：　http://www5f.biglobe.ne.jp/~ayum/jtrim/jtrim.html

イラストも含めた画像加工を行うフリーソフトとしては、GIMPがあります。これも様々な改良を加えられてきた歴史あるソフトです。高価なIllustraterやPhotoshopのようなソフトに匹敵する高機能を有しています。解説サイトもありますが、たくさんの解説書も出ています。機能が豊富で、説明も多くなるため、書籍を参考にしたほうが使いこなしには便利でしょう。

このサイトのキャラクター「クラさん」もGIMPを用いて作成されています。具体的には、手描きしたイラストを二値化（これは他のアプリを使用）し、色塗り、グラデーション、影付け、線へのノイズ追加などを行っています。

GIMPの使い方：　http://synclogue-navi.com/category/gimp#smoothplay1