個人事業主や小規模なNPO法人にとって、会計処理は負荷の高い業務かと思います。Excelで各帳簿を作って、月毎にまとめて入力している方もいるかと思います。Excelでは、テンプレートがたくさんインターネットに公表されているので、それを利用すれば会計業務の効率が上がります。
また、メジャーなソフトとして、弥生会計を用いている方も多いでしょう。若干高価なソフトですが、普及しているソフトなので使い方の解説サイトや解説本なども多く、力強く会計業務をバックアップしてくれます。
今、もう一つの方法として、オンライン会計（クラウド会計）があります。検索エンジンで「オンライン会計」と検索すればたくさんの種類が出てきます。先の弥生会計とも連動できる「やよいの店舗経営 オンライン」というのもあります。
基本的には月額の有料サービスが提供されていますが、長く使用することを前提とされていることもあり、安価な月額費用となっています。
その中で、主要となりそうなのが、会計ソフト「freee（フリー）」です。月額費用が要り、個人事業主と法人で値段が変わります。freeeでは、ネットバンクのデータを自動で取り込めます。事業専用の口座があれば、その入出金を自動的に振り分けてくれるのです。ネットバンキングは、まだ導入していない方も多いかと思いますが、PCからの金銭処理に加え、このような会計システムとの連携ができるのであれば、導入の価値を検討してみても良いのではないでしょうか。
また、freeeでは、クラウドでデータを保管するため、端末の種類を選ばずに複数人での作業が可能です。職務に応じた会計処理が可能で、一人の人間に会計処理が集中するのも防げます。
その他様々なオンライン会計システムがありますが、期間限定・機能限定でも無料で試せるものは一度無料でトライして、使いやすいものを選択されてはどうかと思います。
freee： http://www.freee.co.jp/